La Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES), que actualmente agrupa a 187 Instituciones de Educación Superior (IES), acordó la creación de un organismo no gubernamental que regulara los procesos de acreditación y a las organizaciones especializadas que realizaran esta labor. Dicha propuesta fue cristalizada en el año 2000 con el surgimiento del Consejo para la Acreditación de la Educación Superior (COPAES).
Durante la primera década, COPAES operó al amparo de la estructura de los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior (CIEES); sin embargo, atendiendo a las acciones prioritarias del Programa Sectorial de Educación 2007-2012, el 26 de febrero de 2010 la Asamblea General del COPAES tomó la decisión de separar orgánica y estructuralmente a los dos organismos, a fin de articular el quehacer de las diferentes instancias de evaluación y acreditación existentes, y concretar en una etapa que sería posterior, la creación de un Sistema Nacional de Evaluación, Acreditación y Certificación de la Educación Superior.
Entre los compromisos fundamentales que asumió COPAES ante la Secretaría de Educación Pública (SEP),
destacan los siguientes:
Otorgar reconocimiento a los Organismos Acreditadores.
Cooperar con organismos análogos de otros países para intercambiar experiencias.
Difundir los casos positivos de acreditación.
Supervisar el desempeño de los Organismos Acreditadores.
Fungir como órgano de asesoría y consulta de la SEP en materia de acreditación.
Informar a la sociedad sobre los programas de calidad y las instituciones que las imparten.
En los últimos 25 años en México se ha avanzado gradual y consistentemente en la evaluación y acreditación de programas de educación superior. La realidad es que la práctica de la evaluación y la acreditación de Programas Académicos (PA) se ha venido generalizando en el país y consolidando hasta abarcar en la actualidad el 56% de la matrícula nacional.
El 8 de septiembre de 2011 se firmó el convenio modificatorio que amplío las facultades del COPAES y ratificó las que tenía originalmente reconocidas. Las nuevas atribuciones fueron: